依照上述，因为幼体在结构上的变化相同于变异了的生活习性，还有在相应的年龄中的遗传，我们便可以明白动物所经过的发育阶段为什么和其成体祖先的原始状态根本不一样。现在大部分最杰出的权威者都相信，昆虫的各种幼虫期与蛹期就是此般经由适应而获得的，并非经由某种古代类型的遗传而得到的。芜菁属--某种经由某些异常生长阶段的甲虫--的奇异情况也许能够说明此种情况是如何发生的。依据法布尔描写其第一期幼虫形态，是一种活泼的细小昆虫，长着六条腿、两根长触角与四只眼睛。在蜂巢里这些幼虫被孵化出来，当春天雄蜂早于雌蜂羽化出室时，幼虫就跳到其身上，随后在雌雄交配时又爬到雌蜂身上。当雌蜂在蜂的蜜室上面产卵的时候，芜菁属的幼虫就立即跳到卵上，而且把它们吃掉。之后，一种彻底的变化在它们身上发生：眼睛消失，腿与触角变为残迹的了，而且以食蜜为生；此时它们才密切类似于昆虫的一般幼虫；最后它们进一程度地转化，以完美的甲虫最终出现。现在，假如有某种昆虫，其转化方式如芜菁属的转化一样，而且成为昆虫的某个新纲的祖先。则此新纲的发育过程也许和我们现存昆虫的发育过程十分不一样；而第一期幼虫阶段绝对不会代表任何成体类型与古代类型的先前状态。
另一方面，相当多的动物的胚胎阶段或幼虫阶段或多或少地向我们彻底体现出全群的祖先的成体状态，这是十分可能的。在甲壳类该大纲中，相互非常不同的类型，即附着性的寄生种类、蔓足类、切甲类、以致软甲类，最早都是在无节幼体的形态下作为幼虫来产生的；由于这些幼虫栖息与觅食于广阔海洋里，而且不适应所有特殊的生活习性，又依照米勒所举出的别的一些理由，也许在某一古远的时代，存在过某种与无节幼体相类似的独立的成体动物，后来顺着血统的一些分支路线，产生了上面所说庞大的甲壳类的群。除此之外，依照我们所拥有的关于哺乳类、鸟类、鱼类与爬行类的胚胎的了解，可能这些动物属于某一古代祖先的变异了的后代，该古代祖先在成体状态中有着十分适于水栖生活的鳃、一个鳔、四只鳍状肢与一条长尾。
因为任何以前存在过的生物，不论灭绝的还是现代的，都可归入少数若干大纲中；因为各个大纲中的全部成员，依据我们的学说，都被细微的级进所接连，倘若我们的采集差不多是完全的，则最优的、唯一可能的分类应该是依照谱系的；因而血统是博物学者们在“自然系统”此术语下所寻求的相互联系的不易发觉的纽带。依照此观点，我们就可以理解，在大部分博物学者的眼中为何在分类上胚胎的结构的重要性甚至大于成体的结构。在动物的几个或更多的群中，不论在成体状态中其结构与习性互相有多大的差别，倘若它们经由十分相似的胚胎阶段，我们便能确定它们都传自于一个亲类型，所有互相有密切的关联。如此一来，胚胎结构中的共同性便显露了血统的共同性：可是胚胎发育中的不相似性并不能说明血统的不一致，由于在两个群之一群中，可能发育阶段曾被抑制，或者也许由于要适应新的生活习性而被改变很多，使得没法再被辨认。
甚至在成体产生了完全变异的类群中，起源的共同性通常还会通过幼虫的结构显露出来。比方说，我们看到尽管蔓足类在外表上十分像贝类，然而依照它们的幼虫就马上能够知道它们属于甲壳类这一大纲。因为胚胎通常能够多少明白地给我们示明某个群的变异较少的、古代祖先的结构，因而我们可以了解何以古代的、灭绝的类型的成体状态常类似于相同纲的现有物种的胚胎。阿加西斯觉得，这是自然界的一般规律：我们能够期望以后发现此条规律被证明是正确的，但是，只有在下面的情况下它才能被证明是正确的，那就是此群的古代祖先并未因为生长的很早期发生连续的变异，也未因为此种变异遗传自早于它们首次出现的较早龄期而全部湮没。还应该记住，此条规律可能是对的。然可因为地质纪录在时间上延伸得还不非常久远，此条规律也许长期地或永远地没法得到证实。假如某种古代类型的幼虫状态和某种特殊的生活方式相适应，且已把相同幼虫状态向整个群体的后代传递，则在该情况下，那条规律也没法严格的有效：因为此等幼虫不会类似于一切更为古老类型的成体状态。
因而，照我来说，胚胎学上的此些尤为重要的事实，依据以下的原理便能得到说明，该原理是：某一古代祖先的非常多的后代中的变异，在生命的不太早的时期曾出现，而且以前在相应的时期遗传。倘若我们把胚胎看成一幅图画，即便多少有些模糊，但反映了相同大纲的全部成员的祖先，或是其成体状态，或是其幼体状态，则胚胎学的意义便会提高很多。
残迹的、萎缩的及不发育的器官
在此种奇怪状态中的器官或部分，有着废弃不用的鲜明印记，十分常见于整个自然界中，还可以说是普遍的。没法举出某种高级动物，其某一部分不是残迹状态的。比如哺乳类的雄体有着退化的奶头；蛇类的肺存在一叶是残迹的：鸟类“小翼羽”能够可靠地被看成是退化，一些物种的全部翅膀的残迹状态是此般明显，使得它没法用于飞翔。鲸鱼胎儿有牙齿，可当它们发育后却无任何牙齿；又或是，还没生出的小牛的上颚长有牙齿，但是从来没穿出牙龈，还有其他东西比这还要奇怪吗？
残迹器官明了地运过各种方式表现了其起源与意义。密切类似物种的、甚至相同物种的甲虫，或者仅仅有着相当大的与完全的翅，或者仅仅有着残迹的膜，处在牢固结合的翅鞘之下，在此般情况下，没法怀疑那种残迹物便是代表翅的。有时残迹器官还保持其不易发觉的能力：此偶然出现于雄性哺乳类的奶头，人们曾观察到它们发育得非常好且分泌乳汁。黄牛属的乳房也是此般，它们通常有四个发达的奶头与两个残迹奶头；可是有时后者在我们家养的奶牛中十分发达，且分泌乳汁。有关植物，在相同物种的个体中，有的时候花瓣是残迹的，有的时候是发达的。